Banca de QUALIFICAÇÃO: FABIO FONSECA DE OLIVEIRA

Uma banca de QUALIFICAÇÃO de DOUTORADO foi cadastrada pelo programa.
DISCENTE : FABIO FONSECA DE OLIVEIRA
DATA : 30/06/2021
HORA: 14:00
LOCAL: https://meet.google.com/guw-bjzd-gcz
TÍTULO:

Proposta de Implementação do Algoritmo Smith-Waterman em FPGA


PALAVRAS-CHAVES:

Smith-Waterman, FPGA, Hardware, Array Sistólico


PÁGINAS: 24
RESUMO:

Em bioinformática, o alinhamento é uma técnica essencial para encontrar semelhanças entre sequências biológicas. Normalmente, o alinhamento é realizado com o algoritmo Smith-Waterman (SW), uma conhecida técnica de alinhamento de sequências de alta precisão baseada em programação dinâmica. No entanto, dado o grande volume de dados em bancos de dados biológicos e seu aumento exponencial contínuo, o processamento de dados em alta velocidade é necessário. Portanto, este trabalho propõe um projeto de hardware paralelo para o algoritmo SW com uma estrutura de array sistólico para acelerar as etapas de Forward e Backtracking. Para tanto, a arquitetura calcula e armazena os caminhos no estágio Forward para pré-organizar o alinhamento, o que reduz a complexidade do estágio Backtracking. O Backtracking começa a partir da posição de pontuação máxima na matriz e gera o caminho de alinhamento de sequência SW ideal. A arquitetura foi validada em Field-Programmable Gate Array (FPGA), e análises de síntese mostraram que o projeto proposto atinge até 79,5 Giga Cell Updates por Segundo (GCPUS).


MEMBROS DA BANCA:
Interno - 1513597 - JOAO PAULO MATOS SANTOS LIMA
Interno - 1837240 - MARCELO AUGUSTO COSTA FERNANDES
Interno - 3063244 - TETSU SAKAMOTO
Externo à Instituição - CARLOS ALBERTO VALDERRAMA SAKUYAMA - UMONS
Notícia cadastrada em: 28/06/2021 09:22
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