Banca de QUALIFICAÇÃO: LEONARDO RENE DOS SANTOS CAMPOS

Uma banca de QUALIFICAÇÃO de DOUTORADO foi cadastrada pelo programa.
DISCENTE : LEONARDO RENE DOS SANTOS CAMPOS
DATA : 30/04/2020
HORA: 14:00
LOCAL: BioME / Vídeoconferência (Google Meet)
TÍTULO:

FRAMEWORK PARA EXPANSÃO DE ANÁLISES EVOLUTIVAS DE PLASTICIDADE E ENRAIZAMENTO ATRAVÉS DE DIFERENTES BANCOS DE ORTÓLOGOS

PALAVRAS-CHAVES:

Ortólogos; Árvores filogenéticas; Plasticidade evolutiva; Raízes evolutivas; Construção de pacotes; Linguagem R.

PÁGINAS: 38
RESUMO:

As metodologias de reconstrução de cenários evolutivos são importantes ferramentas que auxiliam na compreensão do funcionamento de sistemas biológicos sob a perspectiva de sua conservação ao longo da evolução e de suas origens. O conceito primário para a compreensão dessas técnicas está nas relações entre os genes de diferentes espécies que formam famílias de genes, ou grupos de ortólogos. Ortólogos são genes de espécies distintas originários de um único ancestral comum. Diversos projetos inferem as relações de ortologia entre genes de genomas sequenciados e os armazenam em bancos de ortólogos. A determinação da plasticidade evolutiva e a inferência de raiz evolutiva são análises bem estabelecidas que se baseiam na distribuição de grupos de ortólogos numa árvore de espécies de referência, e estão implementadas no pacote geneplast do Bioconductor. Embora consolidado, esse pacote requer um grande esforço na preparação dos seus dados de entrada. Aqui, nós analisamos a estrutura de diferentes bancos de ortólogos e propomos um conjunto de rotinas para automatizar a extração dos dados de ortologias e processá-los em conjuntos de dados no formato requerido pelo geneplast. Como resultados, produzimos quatro pacotes na linguagem R criados para prover dados de entrada ao geneplast, permitindo expandir suas análises para diferentes fontes de informação de ortologias. As metodologias empregadas pelo framework, bem como os conjuntos de dados produzidos, estão sendo consolidadas no pacote geneplast.data que será submetido ao repositório Bioconductor.

MEMBROS DA BANCA:
Presidente - 1507794 - RODRIGO JULIANI SIQUEIRA DALMOLIN
Interno - 2170415 - JORGE ESTEFANO SANTANA DE SOUZA