Banca de QUALIFICAÇÃO: MARÍLIA VIANA ALBUQUERQUE DE ALMEIDA

Uma banca de QUALIFICAÇÃO de DOUTORADO foi cadastrada pelo programa.
DISCENTE : MARÍLIA VIANA ALBUQUERQUE DE ALMEIDA
DATA : 28/02/2020
HORA: 15:00
LOCAL: BioME - PPg-Bioinfo
TÍTULO:

Análise e comparação das mutações missense em adenocarcinoma de estômago e suas consequências estruturais.

PALAVRAS-CHAVES:

adenocarcinoma de estômago, mutações missense, rede de interação de resíduos.

PÁGINAS: 58
RESUMO:

No ano de 2018 ocorreram mais de 18 milhões de novos casos de câncer na população mundial e cerca de 9,6 milhões de óbitos. No Brasil, durante o triênio 2020-2022, acredita-se que ocorrerão 625 mil novos casos de câncer; sendo o câncer de estômago o quinto mais incidente com projeção de 21 mil novos casos durante o período.Segundo dados do INCA, no Nordeste brasileiro o câncer de estômago esteve entre as dez principais causas de morte durante o período de 2009 a 2013.O Câncer está entre as principais neoplasias malignas no mundo, caracterizando-se pelo crescimento desordenado de células, que invadem tecidos e órgãos. A partir do surgimento das tecnologias ômicas se obteve entendimento mais aprofundado dos genes relacionados ao câncer e suas respectivas mutações: deletérias (MD) - relacionadas a progressão do tumor; e neutras (MN) - não relacionadas a progressão do tumor. Abordagens de ferramentas computacionais e exploração de redes de interação de resíduos (RINs) em proteínas vêm sendo desenvolvidas como forma de predição desses tipos de mutações. Estudos recentes sugerem ainda que alguns tipos de câncer podem estar relacionados a fatores ambientais e hereditários; e outros estariam mais fortemente associados a fatores estocásticos como mutações aleatórias que surgem durante a replicação do DNA. O objetivo do estudo é analisar e comparar as mutações missenses (MM) e suas consequências estruturais relacionadas ao câncer de estômago (STAD), além de comparar com câncer de diferentes etiologias como o câncer de pulmão (LUNG) e glioblastoma (GBM). Genes e suas respectivas mutações foram minerados a partir dos bancos The Cancer Genome Atlas (TCGA) e Catalogue Of Somatic Mutations In Cancer (COSMIC), e filtrados pelo parâmetro Ndamage (classificação do impacto da mutação). As MM que ocorriam em regiões codificantes foram selecionadas. Estruturas tridimensionais de proteínas (PDBs) foram obtidas no banco pdb utilizando códigos UniProt. O mapeamento da posição dos PDBs foi realizado pelo banco de informações SIFTS e o efeito estrutural das mutações foi estimado a partir da construção de RINs, utilizando o software RING 2.0. Arquivos contendo Nodes (cada aminoácidos da proteína) e Edges (conexões entre aminoácidos na forma de interações químicas) foram gerado, tais informações adicionadas ao banco de dados e relacionadas com as mutações. Os dados foram armazenados em MySQL. Observou-se o Degree (conectividade entre Nodes) e limitou-se este parâmetro até 15. Notou-se para os cânceres em estudo que existe alta quantidade de mutações em Degrees com valor até cinco. Conforme aumenta o Degree, diminui a quantidade de MN e aumenta a proporção de MD. Em STAD e GBM, observa-se um tendência crescente das MD conforme aumenta o Degree; em LUNG as MD se mantêm constantes e após o aumento do Degree para 11, nota-se um acréscimo deste tipo de mutação. Em relação a troca de aminoácidos (AA), ocorre maior proporção em STAD entre AA do tipo polar para aromático e não-polar para carga positiva; em GBM, de aromático para carga positiva e carga positiva para carga positiva, e em LUNG de aromáticos para polar e não polar para carga positiva. As mutações estão em degrees baixos, mas MD apresentam tendência de ocorrer em nós que estão em degrees maiores, pois é esperado que maior conectividade possa provocar maior impacto nas proteínas. Alterações nos grupos químicos e suas interações podem estar associadas a possíveis mudanças estruturais nas proteínas, tendo potencial para afetar a atividade biológica. A partir da avaliação de seus impactos na RIN, pode-se prever o efeito de uma mutação e associá-lo ao surgimento e a progressão desses tipos de câncer

MEMBROS DA BANCA:
Presidente - 1513597 - JOAO PAULO MATOS SANTOS LIMA
Interno - 1267860 - GUSTAVO ANTONIO DE SOUZA
Interno - 2170415 - JORGE ESTEFANO SANTANA DE SOUZA