Banca de QUALIFICAÇÃO: FELIPE VIEIRA DA FONSECA

Uma banca de QUALIFICAÇÃO de MESTRADO foi cadastrada pelo programa.
DISCENTE : FELIPE VIEIRA DA FONSECA
DATA : 25/11/2019
HORA: 09:00
LOCAL: BioME - PPg-Bioinfo
TÍTULO:

COMPARAÇÃO DE REDES DE INTERAÇÃO DE RESÍDUOS (RINs) COMO UMA FORMA DE AVALIAR A VARIAÇÃO CONFORMACIONAL DE PROTEÍNAS

PALAVRAS-CHAVES:

RINs, Mudanças Conformacionais, Mutações, interações químicas.

PÁGINAS: 55
RESUMO:

Alterações na sequência primária de aminoácidos podem resultar em alterações na estrutura
tridimensional de proteínas e perda parcial ou total da sua função. Uma forma de representar
as ligações e interações entre todos os aminoácidos de uma proteína é por meio das redes
de interação de resíduos (RINs). Nas RINs a estrutura 3D de proteínas são apresentadas na
forma de grafos, onde os nós representam os resíduos de aminoácidos e as arestas
representam as interações físico-químicas entre os aminoácidos. Nossa hipótese é que a
comparação entre RINs de uma mesma proteína em diferentes conformações pode ser
utilizada para avaliação dos efeitos de mutações e polimorfismos, assim como também para
a análise e validação de modelos teóricos. Portanto, o objetivo do presente trabalho foi
construir uma ferramenta para comparação de diferentes RINs para uma proteína e utilizar
tais dados para pontuar diferenças conformacionais entre proteínas e na validação de
modelos gerados por homologia. As RINs foram criadas utilizando o RING 2.0 (Residue
Interaction Network Generator). A ferramenta desenvolvida para isso, chamada de CoRINs
(Comparator of Residue Interaction Networks) compara todos os nós de RINs geradas a partir
de diferentes arquivos de estrutura (PDBs) de uma mesma proteína, levando em consideração
a posição, a cadeia e o resíduo, bem como suas interações com os outros aminoácidos. A
ferramenta ainda apresenta um gráfico que estima a variação de interações formadas por
cada resíduo, que pode ser utilizado com uma estimativa para a variação conformacional
daquele sítio proteico, a partir do conjunto de PDBs comparados. Como uma das aplicações
para a ferramenta, utilizamos um conjunto de dados com oncogenes e genes supressores do
tumor e suas respectivas mutações reportadas e estas foram mapeadas de acordo com a
variação da conectividade de cada resíduo. As diferentes conformações para cada proteína
foram anotadas a partir de um banco de confôrmeros estruturais e as RINs foram obtidas
utilizando o programa RING 2.0. Os resultados demonstram que mutações associadas aos
oncogenes testados apresentam uma maior tendência de ocorrer em sítios com maior
variação na quantidade de interações em seus resíduos. Adicionalmente, a maioria das
mutações anotadas como patogênicas e associadas ao câncer nestes genes ocorreu em
sítios com maior quantidade de mudanças em interações químicas e físicas. Tais resultados
demonstram que a ferramenta CoRINs pode ser útil na identificação das ligações químicas
secundárias e interações não-covalentes essenciais à manutenção da estrutura proteica,
podendo ser utilizada em estudos evolutivos, como na manutenção da função de proteínas
homólogas com alta divergência de sequência primária e também na comparação e validação
de modelos estruturais teóricos.

MEMBROS DA BANCA:
Interno - 1893445 - EUZEBIO GUIMARAES BARBOSA
Interno - 1513597 - JOAO PAULO MATOS SANTOS LIMA
Presidente - 1507794 - RODRIGO JULIANI SIQUEIRA DALMOLIN